早在远古时期，准格尔旗就有古人类活动的足迹。考古学家在准格尔旗纳林川畔和黄河沿岸发现了不少旧石器早期的石器遗存。证明在旧石器时期，准格尔旗地区已有了古人类活动。他们在这里生活繁衍，过着以狩猎为主、采集为辅的群体生活。
准格尔，即今内蒙古鄂尔多斯市准格尔旗，旧属绥远省。原驻地在今准格尔旗西之西营子乡。1948年迁驻沙圪堵。1954年划归内蒙古自治区。据民国 《绥远通志稿》 说： “蒙语左翼曰郡格尔，今多译作准格尔。” 故鄂尔多斯左翼 (前旗) 称为准格尔旗。旗人民政府驻薛家湾镇。
准格尔，蒙古语意为“左翼”。因清置鄂尔多斯左翼前旗而得名。明洪武初属东胜卫，天顺年间蒙古族入牧，正德五年(1510年)由鄂尔多斯万户统之。清顺治六年(1649年)以左翼浩齐特、克里野斯部为主，置鄂尔多斯左翼前旗，扎萨克初驻扎勒谷。
《绥远通志稿》：“蒙语左翼曰郡格尔，今多译为准格尔。”故鄂尔多斯左翼前旗俗称准格尔旗。康熙三十六年(1697年)至乾隆年始放长城北沿界牌地，道光年间旗增设大卿(后转音为达庆)，光绪三十一年(1905年)南部界牌地分段划给河曲县和府谷县。1914年属绥远特别行政区，1928年改属绥远省。1950年原河曲县管辖的马刚区划入，旗治沙圪堵，属伊克昭盟。1954年绥远省撤销，并入内蒙古自治区。1955年将黄河北岸一、十四区划给萨拉齐县(今土默特右旗)。
1948年4月，准格尔旗解放，成立准格尔旗临时政务委员会，政府驻地设于沙圪堵。1950年4月，准格尔旗末代扎萨克奇福海回沙圪堵交印，旗政最终统一于人民政府。1955年9月旗人民政府改称旗人民委员会。1968年4月，又改称革命委员会。1981年1月复改称人民政府迄今。1999年8月旗人民政府驻地从沙圪堵迁址薛家湾至今
