继获诺奖之后，屠呦呦团队对青蒿素药物的治疗和应用继续了进一步的拓展，又有重大发现，阐明了关于青蒿素抗药性问题以及展开了关于使用青蒿素治疗红斑狼疮前景的探究。
在青蒿素出现之前，奎宁曾是特效的抗疟药，可是现在已经有了抗奎宁的疟原虫了。其他疟疾特效药也差不多，基本上都有了耐药性。原因是大部分药物的作用原理都是靶向疟原虫的某个至关重要的蛋白，病原体因为该蛋白失去功能而死亡。相应的，如果疟原虫突变出某个不惧怕该药物的蛋白，疟原虫就会活下来，也即产生了耐药性。而青蒿素杀伤疟原虫机理是通过自由基，青蒿素的结构中含有过氧桥键，容易和二价铁反应，生成自由基化合物。病人服用青蒿素后，青蒿素在疟原虫体内被活化而生成大量自由基，会使疟原虫数百个蛋白烷基化。这样只是单个蛋白靶点的突变就不太可能引起耐药性。研究认为，所谓对青蒿素产生耐药性的疟原虫实际是改变了自己的生命周期，可以躲开青蒿素在血液中浓度最高的时期。因此简单的加大青蒿素用量和延长服用时间，就可以轻松清除这些疟原虫。
红斑狼疮是一种典型的自身免疫性结缔组织病，至今没有较好的治疗方法。屠呦呦团队经研究发现，青蒿素对狼疮有潜在的治疗效果。使用青蒿素和其衍生物可以有效改善患者症状，降低抗体和蛋白尿水平，减少肾损伤和减少泼尼松的使用。青蒿素的作用机制可能包括调节T细胞亚群，抑制B细胞的活化和炎性细胞因子的产生，以及阻断NF-kB信号传导途径，从而起到抗炎和免疫调节的作用。
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