1、对象不同
稽查是对于行政相对人，如税务稽查大队，一般负责偷税漏税，作出的是外部行政行为。监察的对象是行政机关、公务员，大部分是关于人事任和行政命令执行等情况，一般做出内部行政行为。
2、范围不同
申办者和药监管理部门都可组织稽查，监查员的工作涉及整个试验过程，而稽查可以就整个试验过程也可就某个问题进行稽查。
3、方式不同
监查是申办者通过委派监查员，检查试验的进行情况，包括试验的进度与质量，并核实数据，最后向申办者提供书面报告。稽查指由不直接涉及试验的人员所进行的一种系统性检查，以评价试验的实施，数据的记录和分析是否与试验方案、标准操作规程以及药物临床试验相关法规要求相符。
监察委员会依照本法和有关法律规定履行监督、调查、处置职责：
1、对公职人员开展廉政教育，对其依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守情况进行监督检查。
2、对涉嫌贪污贿赂、滥用职权、玩忽职守、权力寻租、利益输送、徇私舞弊以及浪费国家资财等职务违法和职务犯罪进行调查。
3、对违法的公职人员依法作出政务处分决定；对履行职责不力、失职失责的领导人员进行问责；对涉嫌职务犯罪的，将调查结果移送人民检察院依法审查、提起公诉；向监察对象所在单位提出监察建议。
参考资料来源：
北大法律信息网--《行政监察法修正案(草案)条文及草案说明》
