土地增值税目前分两种缴纳方式，先是预缴，最后清算。预缴是指在房地产项目销售或预售的过程中按照核定税率征收，各地税率略有不同。在2008年以前，各地土地增值税预缴的额度一般在0.5%-1%，2008年初，广州将普通住宅土地增值税的预征率从0.5%提高到1%，其他商品房土地增值税预征率从0.7%提高到2%。随后，各地纷纷仿效广州做法。将预缴税率提高到1%-3%。 在项目销售结束后应进行清算，清算后按照四级累进制计算应缴税额，毛利达50%的部分增值税税率达到利润率30%，毛利高于200%的部分，增值税税率更是达到60%。房地产公司土地增值税预缴率是1.5%，预缴基数是预收款额（或销售收入）。因为房地产企业预收款时不一定确认销售收入，只要取得预收款就要按比例预交土地增值税。
