目前北京大学的教学单位分为理学部、信息与工程科学部、人文学部、社会科学部、医学部和跨学科类六大类。
理学部
数学科学学院 物理学院 化学与分子工程学院 生命科学学院 城市与环境学院 地球与空间科学学院 心理学系
信息与工程科学部
信息科学技术学院 工学院 计算机科学技术研究所 软件与微电子学院 环境科学与工程学院
人文学部
中国语言文学系 历史学系 考古文博学院 哲学系（宗教学系） 外国语学院 艺术学院 对外汉语教育学院
社会科学部
国际关系学院 经济学院 光华管理学院 法学院 信息管理系 社会学系 政府管理学院 马克思主义学院 教育学院 新闻与传播学院 人口研究所 中国经济研究中心 体育教研部
医学部
基础医学院 药学院 公共卫生学院 护理学院 公共教学部 医学网络教育学院 第一医院 人民医院 第三医院 口腔医院 第六医院 北京肿瘤医院 深圳医院 首钢医院 12所教学医院
跨学科类
元培学院 先进技术研究院 前沿交叉学科研究院 中国社会科学调查中心 分子医学研究所
深圳研究生院
信息工程学院 化学生物学与生物技术学院 环境与能源学院 城市规划与设计学院 汇丰商学院 国际法学院 人文社会科学学院
研究中心
微处理器研究开发中心 互联网信息工程研发中心等百余个研究中心。 近年来，北京大学大力推进教学改革，按照“加强基础，淡化专业，因材施教，分流培养”的方针，修订了教学计划，加强了基础教学，充实更新了教学内容，注重培养学生的创新能力和创造精神。在教学管理上，实行学分制，提高选修课的比例，鼓励学生跨专业选课、修读辅修专业或第二学士学位，提前修满学分的学生可以提前毕业，并推荐品学兼优的应届毕业生免试攻读硕士、博士学位。 学校开展广泛的国际交流与合作，与40多个国家和地区的200余所高等院校建立了校际联系。北大学生不会因经济困难而辍学或影响学业。为保证经济困难学生顺利完成学业，设立“经济困难学生助学体系”，包括助学贷款、勤工助学、减免学费、借款、临时困难补助、助学金、奖学金等。
