中科大没有研究所，中科大和中科院的研究所都是中科院的下属单位，是平级的关系。
中科大建有12个国家级科研机构、4个国家重大科技基础设施和62个院省部级重点科研机构。
其中比较重要的有:国家研究中心：合肥微尺度物质科学国家研究中心
国家级实验室：国家同步辐射实验室
国家重大科技基础设施：合肥同步辐射光源、稳态强磁场实验装置（联合）、未来网络试验设施（联合）高精度地基授时系统（联合）
国家重点实验室：火灾科学国家重点实验室 核探测与核电子学国家重点实验室（联合）
国家工程实验室：语音及语言信息处理国家工程实验室（联合）、类脑智能技术及应用国家工程实验室
