在中国高等学校1952年院系调整中，燕京大学被撤销。
在中国大陆，其资产由中华人民共和国中央人民政府接管后被整并，文科、理科多并入北京大学，工科并入清华大学，法学院、社会学系并入现在的中国政法大学。校舍由北京大学接收，其建筑仍为燕京大学古迹。在香港，基督教教会代表1951年创办了旨在继承燕大等13所内地教会大学精神的崇基学院（后成为香港中文大学成员学院之一）。
