在实际的执纪审查中，纪律检查建议书适用中存在的主要问题是，在初步核查和立案审查中，对本级党委管理的干部依规依纪处理外，对涉案的下一级党组织管理的党员干部下发纪律检查建议书，要求下一级党组织进行处理。
正确的做法应当区分不同情况，不能一概适用纪律检查建议书。即符合《案件检查条例实施细则》第十一条规定的七种情况的，即不需要追究党纪责任的，可以下发纪律检查建议书；而对于需要追究党纪责任的，不能下发纪律检查建议书，应根据《案件检查条例实施细则》第十七条之规定（根据《条例》第二十一条的规定，上级纪检机关责成下级纪检机关立案的，必须是上级纪检机关或有关部门经过初步核实，认为符合立案条件的。凡责成立案的，上级纪检机关应制作《责成立案通知书》并附核实材料；有关下级纪检机关应即立案，并将查处结果报告上级纪检机关），下发《责成立案通知书》，由下一级党组织直接立案调查。
