往来款函证存在的问题主要为：
一是发函前，未对被询证者的姓名和地址等信息执行核查程序，未将核查过程记录于审计底稿；
二是函证过程中，未保持必要的控制，询证函由被审计单位人员发出或收回；
三是收到回函后，未调查不符事项，未能发现函证存在的一些异常情况。从检查情况来看，各事务所需提高往来款函证程序执行的质量而不是只关注回函率，以确保函证程序所提供审计证据的相关性和可靠性。
