一、事业单位与企业内部控制体系目标不同行政事业单位是行政单位与事业单位两个概念组成的。无论行政单位还是事业单位，其目标都侧重于社会公共服务与公共管理活动目标的履行，强调效率与公平的统一性。
相比较而言，企业则是从事生产、流通、服务等经济活动，以生产或服务满足社会需要，实行自主经营、独立核算、依法设立的一种营利性经济组织。二、事业单位与企业内部控制体系设计原则不同事业单位内部控制是指在事业单位内部建立起有效的管理控制机制,对事业单位的计划实施、开支标准以及各项财务管理制度的执行情况进行监督和检查,及时纠正存在的问题。
其控制原则是:①相互牵制原则。
即一项完整的资金活动,在横向和纵向上必须分配给具有互相制约作用的两个或两个以上的职位分别完成,以相互牵制和监督。
②协调配合原则。
指在财政资金的使用过程中,各部门或人员必须相互配合,各岗位与环节都应协调同步,各项手续紧密衔接,避免扯皮、脱节、减少矛盾和内耗。
③成本效益原则。
应力争以最小的控制成本取得最大的控制效果。
而企业内部控制的原则是全面控制与重点控制相结合，目标控制与追踪控制相结合，日常控制与定期控制相结合，定性控制与定量控制相结合，固定控制与弹性控制相结合，硬性控制与软性控制相结合。三、事业单位与企业内部控制体系的基本内容不同事业单位内部控制体系的基本内容包括以下几方面的内容：
(一) 建立控制系统,规范动作程序；
（二）完善控制制度,明确控制标准；
（三）完善控制机制,提高控制效果；
(四) 讲求控制方法,加强风险防范。而企业内部控制的内容主要包括以下几个方面：
(一) 股权控制和经营管理权控制；
(二) 战略控制和经营控制 ；
(三) 人事、财务、会计和生产控制等 ；
(四) 结果控制和过程控制 ；
(五) 积极控制和消极控制；
(六) 行为控制与事务控制；
(七) 制度控制和观念控制 。
