二周目在选择跳过动画之后回到了家里。
爸爸走后，米可利打来电话说要我们去找其他冠军的秘密基地。
然后是看电视选择水都的颜色，建议选择不喜欢的那个。
去水静市找米可利，就在一周目过不去的那个魅影摩天楼门口(水静市地图)。
首先来到冬雪镇，化石迷的家里可以拿到第二块化石(冬雪镇地图)。
同样是拿到得文公司二楼复活。
冬雪镇向左穿过流星瀑布，这里的洞口内找到小赤和小绿，可以对话挑战(流星瀑布附近114号路地图)。
小赤精灵：Lv.62妙蛙花 Lv.62喷火龙 Lv.62水箭龟 Lv.62乘龙 Lv.63卡比兽 Lv.66皮卡丘。
小绿在门口那里，差点漏掉，对话挑战。
希罗娜精灵：Lv.62冰精灵 Lv.62假面蔷薇 Lv.62波克基斯 Lv.62鬼盆栽 Lv.63路卡利欧 Lv.64烈咬陆鲨
茵郁市左边的天气研究所，到二楼与研究员对话得知某处降雨(小夜为127号道路)。
飞到绿岭市向下冲浪沿着右边岩石走，这里潜水下去。
在有光的地方上浮，进入洞口。
尽头可捕捉Lv.70海皇牙。
再次回到天气研究所与研究员对话，得知某处天气干燥。
艾莉丝精灵：Lv.62沙漠蜻蜓 Lv.62三头龙 Lv.62七夕青鸟 Lv.62血翼飞龙 Lv.63快龙 Lv.64双斧战龙
随便提下，流星瀑布的大吾在这个多出来的洞内，可以去挑战(当然不去也没什么关系)。
大吾精灵：Lv.61盔甲鸟 Lv.62青铜钟 Lv.62班吉拉 Lv.62摇篮百合 Lv.62太古盔甲 Lv.64巨金怪
小光在冠军之路的出口处，跟4.5版本一样，可以去挑战(冠军之路地图)。
小光精灵：Lv.54七夕青鸟 Lv.54火爆兽 Lv.54巨龙花 Lv.54大力鳄 Lv.55沙奈朵
回去找米可利对话，这是接到了有挑战者来的电话(水静市魅影摩天楼门口)。
脑海中响起了小赤等人的对话，回神后继续剧情。
飞到精灵联盟接受挑战吧，与守门的两人对话。
挑战者竟然是N，对话后进入战斗。
然后是一段很长的剧情对话，要去寻找小遥小光，询问有关三日月之羽的事情。
在门口的博士给了点小遥的线索。
