（1）企业法律地位不同：合资企业必须是法人，而且是以有限责任公司为形式的法人；合作企业则不一定是法人，只有当其具备法人条件时，才可以依法核准登记为法人。不具备法人条件的合作企业相当于一种合伙型的联营体。
（2）企业性质不同：合资企业各方投资应以货币计算股权比例，并按股权比例分享利润，分担风险和亏损；而合作企业各方以货币以外的方式出资，无须以货币作价。
（3）利润分成不同：合资企业按投资比例分享利润，分担风险和亏损。而合作企业的合作者依照合作企业合同的约定，分配收益或产品，承担风险和亏损。而且允许在一定条件下，外国合作者先行回收其投资，同时，中外合作者应依照有关法律的规定和合作企业合同的约定对合作企业的债务承担责任。
（4）合营企业的组织机构主要是董事会；合作企业的组织机构可以是董事会，也可以是联合管理委员会，还可以是委托管理制
