1、首先要拿到自己要设计引物的目的基因。这里我使用一段GFP基因给大家讲解。将目的基因保存在txt文档里面,或者直接复制下来后在DNAMAN里面新建文档复制进去。下面是我们要设计引物的GFP基因序列。
3、再次点击Primer,选择Melting Temperature,打开对话框。这里面可以看到你的碱基序列,个数以及Thermo,也即Tm值,是溶解温度。Tm值一般在55℃到70℃之间比较好,PCR仪的退火温度一般设定比primer的Tm低5℃(不过一般情况我们都设定为55℃,因此Tm值在60左右比较好)。
4、从上图可以看到我们这20个碱基的Tm值只有49度,显然太低,需要增加碱基数量。我们取前24个碱基粘贴进去,点击下方Show Tm便可以看到这个引物的Tm值,发现是60.3度,很合适,就用这个了。这样正向引物就设计完了,把这24个碱基序列保存下来。
7、保持Channel 1选中的状态,选择Sequence-->Display Sequence,打开对话框。
9、这样就可以看到目的基因的反向互补序列了。