肛周脓肿明显不同于痔疮。首先，两者的发病机理不同。前者是肛周软组织的急性感染。后者是肛门周围皮肤和粘膜的病理性肥大。其次，这两种症状是不同的。前者病程短，疼痛剧烈，伴有低烧和疲劳等全身症状。后者病程长，有轻度疼痛或无疼痛。只有绑着血的痔疮才会有明显的疼痛。大多数症状是便血和肿块脱垂，没有发烧和疲劳的症状。物理信号是不同的。前者有周红、肿胀、发热、疼痛、深肿块和波动。后一种肿瘤是浅表性的，与正常皮肤明显不同，没有波动。
