1、员工缴纳个人所得税是按照他的工资薪金收入确定的，根据2019年1月1日开始施行的新个税法规定，员工应纳税所得额=月度收入-5000元（起征点）-专项扣除（五险一金等）-专项附加扣除-依法确定的其他扣除。
