交大有交大的长处，南大有南大的优点，而且并不是同一类的大学，学科优势互有短长，冲突之处不多，相反互补性很强。
南大强在文理，在2000年左右的高校合并大潮中没有合并任何学校，是小而精大学的典型代表。南大文科稳居国内前五，理学位列国内前三，在最新的自然指数排名中甚至超越清北排名第一!交大则强在工科和医学，2000年合并了上海第二医学院，整合得卓有成效。
总体而论，两校同属华五，是同一个层次的大学，不能简单论高低，如果希望在文理方向发展，那么优先选择南大；如果兴趣在工科和医学方向，则交大是明智的选择。
