《条例》共有四十五条，分为“总则”“饮用水源保护”“监督管理”“法律责任”“附则”五个篇章，其中，“法律责任”篇章中，对污染集中式饮用水源的违法行为做出行政处罚。
其中，最高的行政处罚是第三十九条：市辖区集中式饮用水源二级保护区内，设置排污口，向水体排放污水，由县级以上人民政府责令限期拆除，处以100000元以上500000以下罚款；逾期不拆除的，强制拆除，所需费用由违法者承担，处以500000元以上1000000元以下的罚款，并可以责令停产整顿。
对擅自移动、破坏饮用水水源保护区隔离设施、警示牌或者标志桩的，由环境保护行政主管部门责令恢复原状，情节严重的，处以1000元以上10000以下罚款；未经公安机关批准装载剧毒化学品等对水体、环境具有危害的交通工具违法进入市辖区集中式饮用水水源保护区限行区域的，由公安机关责令整改，处以50000元以上100000元以下罚款。
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此外，市辖区集中式饮用水水源准保护区内，禁止从事下列活动：
（一）新建、扩建化工、造纸、电镀、印染、酿造、化学医药、陶瓷、冶金、PH值低于3以下的煤炭采选以及涉危涉重等对水体有污染的建设项目，改建增加排污量的其他建设项目；
（二）倾倒、堆放或者填埋化工原料、医疗废弃物、工业废弃物等固体废物，未在指定区域倾倒或者填埋生活垃圾；
（三）向水体排放含病原体的污水，含油类、酸碱类污水，含重金属、放射性物质等有毒有害物质、废水；
（四）在水体中清洗装贮过油类或者有毒有害污染物的车辆、容器，进行可能严重影响饮用水水源水质的矿产资源勘查、开采活动，非更新性采伐和破坏饮用水水源涵养林、护岸林和其他植被等破坏生态的行为；
在种植中使用剧毒或者高毒、高残留农药，使用爆炸、电击、有害物质等影响水生态环境质量的方法捕鱼，法律法规禁止的其他行为。
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市辖区集中式饮用水水源二级保护区内，除以上的规定外，还禁止以下活动：
（一）设置排污口，向水体排放污水；开发房地产，建设宾馆、餐饮、娱乐设施、洗车场所等项目，建设畜禽养殖以及养殖小区；铺设输送油类、有毒有害物品的管道及与市政公共设施无关的污水管网，贮存、堆放建筑垃圾及其他固体废弃物；
（二）从事水上餐饮、娱乐经营或者水产养殖等污染饮用水水体的活动，从事经营性取土、采矿和采石等活动；
修建亩地、丢弃及掩埋动物尸体，及法律、法规禁止的其他行为。
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市辖区集中式饮用水水源一级保护区内，除以上规定，还禁止从事以下活动：
（一）新建、改建、扩建与供水设施和保护水源无关的建设项目；
（二）从事养殖业、种植农作物及使用农药、花费和含磷洗涤剂，从事网箱养殖、旅游、游泳、垂钓、露营、野炊、水上运动等其他可能污染饮用水水体的活动和一切经营性活动，及法律、法规禁止的其他行为。
触犯以上条例的，将会被责令整改，情节严重的，处以最低1000元，最高1000000元的行政处罚。
另：《条例》规定的行政处罚，除有特殊规定外，分别由市和市辖区人民政府相关行政主管部门依法实施。根据市辖区集中式饮用水源保护工作的需要，环境保护、水行政主管部门可以在法定权限内委托各水源管理机构实施行政处罚。
