一般非编码RNA的确定要经过生物信息分析和实验验证。对于已知的非编码小RNA如miRNA,tRNA,snRNA等,可经过同源比对,与已知物种的非编码小RNA的相似度来确定。而对于另一些长度小于100nt的非编码小RNA,要通过生物信息软件分析预测来确定,一般根据序列特征和结构来判定。长度大于200nt的RNA,新分析是否能够翻译成为蛋白质即它是否具有较长的开放阅读框,其次要将此RNA在体外转录翻译,检测其是否能形成蛋白来确定。