《深化党和国家机构改革方案》包括八个方面：一、深化党中央机构改革；二、深化全国人大机构改革；三、深化国务院机构改革；四、深化全国政协机构改革；五、深化行政执法体制改革；六、深化跨军地改革；七、深化群团组织改革；八、深化地方机构改革。
深化党中央机构改革主要包括：组建国家监察委员会，同中央纪律检查委员会合署办公，履行纪检、监察两项职责，实行一套工作机构、两个机关名称；组建中央全面依法治国委员会；组建中央审计委员会；中央全面深化改革领导小组、中央网络安全和信息化领导小组、中央财经领导小组、中央外事工作领导小组改为委员会；组建中央教育工作领导小组；组建中央和国家机关工作委员会；组建新的中央党校（国家行政学院），实行一个机构两块牌子，作为党中央直属事业单位；组建中央党史和文献研究院，不再保留中央党史研究室、中央文献研究室、中央编译局；中央组织部统一管理中央机构编制委员会办公室，统一管理公务员工作；中央宣传部统一管理新闻出版工作，统一管理电影工作；中央统战部统一领导国家民族事务委员会，统一管理宗教工作，统一管理侨务工作；优化中央网络安全和信息化委员会办公室职责；不再设立中央维护海洋权益工作领导小组；不再设立中央社会治安综合治理委员会及其办公室；不再设立中央维护稳定工作领导小组及其办公室；将中央防范和处理邪教问题领导小组及其办公室职责划归中央政法委员会、公安部。
深化全国人大机构改革包括：组建全国人大社会建设委员会；全国人大内务司法委员会更名为全国人大监察和司法委员会；全国人大法律委员会更名为全国人大宪法和法律委员会。
深化国务院机构改革包括：组建自然资源部，不再保留国土资源部、国家海洋局、国家测绘地理信息局；组建生态环境部，不再保留环境保护部；组建农业农村部，不再保留农业部；组建文化和旅游部，不再保留文化部、国家旅游局；组建国家卫生健康委员会；组建退役军人事务部；组建应急管理部，不再保留国家安全生产监督管理总局；重新组建科学技术部；重新组建司法部，不再保留国务院法制办公室；优化审计署职责；组建国家市场监督管理总局，不再保留国家工商行政管理总局、国家质量监督检验检疫总局、国家食品药品监督管理总局；组建国家广播电视总局，不再保留国家新闻出版广电总局；组建中央广播电视总台，撤销中央电视台（中国国际电视台）、中央人民广播电台、中国国际广播电台建制；组建中国银行保险监督管理委员会；组建国家国际发展合作署，作为国务院直属机构；组建国家医疗保障局；组建国家粮食和物资储备局；组建国家移民管理局；组建国家林业和草原局；重新组建国家知识产权局；国务院三峡工程建设委员会及其办公室、国务院南水北调工程建设委员会及其办公室并入水利部；调整全国社会保障基金理事会隶属关系；改革国税地税征管体制。
深化全国政协机构改革包括：组建全国政协农业和农村委员会；全国政协文史和学习委员会更名为全国政协文化文史和学习委员会；全国政协教科文卫体委员会更名为全国政协教科卫体委员会。
深化行政执法体制改革包括：整合组建市场监管综合执法队伍；整合组建生态环境保护综合执法队伍；整合组建文化市场综合执法队伍；整合组建交通运输综合执法队伍；整合组建农业综合执法队伍。
深化跨军地改革包括：公安边防部队改制；公安消防部队改制；公安警卫部队改制；海警队伍转隶武警部队；武警部队不再领导管理武警黄金、森林、水电部队；武警部队不再承担海关执勤任务。
《方案》还就深化群团组织改革、深化地方机构改革提出了要求。
