区别如下：财务管理制度主要是公司对企业资金筹集和运用，资产管理、利润分配等方面制订的管理制度。
主要目标是为了实现企业价值最大化或利润最大化，主要内容是投资、筹资、利润分配，具体包括财务分析与预测、资金筹集与使用，资金成本管理等。
财务内部管理制度，其中心还是控制，也就是以防止差错和舞弊为主，规定一系列相互制约、相互联系绵业务处理程序，以达到保护资产的安全完整，提高效率等目的。
在有些管理制度上是重复的，个人以为以后的财务管理应以实现企业价值最大化为目标，主要以分析预测、防范风险，以最小的投入获取最大的收益为主。
而内部控制主要是建立一套适合本单位的牵制制度，防止错误和舞弊的发生。
