傅斯年成立中央研究院历史语言研究所后，还参与抢救、整理明清档案。清朝内阁大库的档案，内有诏令、奏章、则例、移会、贺表、三法司案卷、实录、殿试卷及各种簿册等，是极珍贵的第一手历史资料。
从宣统元年（1909年）国库房损坏搬出存放后，几经迁徙、几易主人，潮湿腐烂、鼠吃虫蛀，损失极为严重。其中一次主管者——历史博物馆以经费缺乏，曾以大洋4000元的价格将此8000麻袋总计15万斤的档案卖给造纸商拿去造纸。著名考古学家马衡大声疾呼，由傅斯年呈请中央研究院院长蔡元培先生做主，才以1。8万元将这批几乎要进造纸厂的档案买下，然而已由15万斤减为12、3万斤，少了2万多斤。抢救下这批十分珍贵的档案材料，傅斯年是有大功的。
