（1）性质不同
合作社是企业法人，在工商部门登记，它是个企业，是个经济实体，它直接与社员签订购销合同，为社员提供生产资料和技术服务，收购农副产品，搞加工、运输、销售服务。
协会是社团法人，在民政部门注册登记，以农产品行业来划分，一般不搞经济实体，主要是为成员提供生产、技术、营销方面的信息和技术服务。
(2）参加者不同
合作社的参加者一般为个体农民。
协会的参加者一般为企业，少数为个体农民。
