1、地域范围不同
电子商务范围更广，按照开展电子交易的范围可以分为区域化电子商务、远程国内电子商务、全球电子商务。
而跨境电商仅指分属不同关境的交易主体，通过电子商务平台达成交易并通过跨境物流送达商品、完成交易的国际商业活动，相对于电子商务而言，交易涵盖范围较小。
2、业务模式不同
电子商务模式有企业对企业的电子商务（B2B），企业对消费者的电子商务（B2C），企业对政府的电子商务（B2G），消费者对政府的电子商务（C2G），消费者对消费者的电子商务（C2C），企业、消费者、代理商三者相互转化的电子商务（ABC），以消费者为中心的全新商业模式（C2B2S），以供需方为目标的新型电子商务（P2D）。
而跨境电商的业务模式相对较少，主要为为企业对企业（即B2B）和企业对消费者（即B2C）的贸易模式。
3、起步时间不同
电子商务起步时间更早，初期主要是同一地域交易主体以电子网络技术发展商业活动，而随着经济全球化和电子网络技术进一步发展，交易范围更广，开始形成跨地域电子商务活动，因此跨境电商的起步时间较晚。
