第一，主体不同。撤回仲裁申请书，由申请人提出；撤销仲裁裁决申请书，可以由申请人提出，也可以由被申请人提出。
第二，对象不同，撤回仲裁申请书向受理仲裁申请机构提出；撤销仲裁裁决申请书向仲裁机构所在地中级人民法院提出。
第三，阶段不同。撤回仲裁申请书，须在仲裁员作出仲裁之前提出；而后者须在仲裁裁决书生效之后提出。
第四，后果不同。撤回仲裁申请书，相当于撤诉，是申请人放弃权利的表现；撤销仲裁裁决书申请书，是仲裁一方或双方当事人认为仲裁程序或实体有问题，才提出的申请，如果仲裁裁决被撤销，则需要重新作出仲裁或直接诉讼。
